Honda CRF100L Africa Twin memiliki rangkaian transmisi yang unik dan membantu pengendaranya dalam menaklukan medan off road. Sistem transmisinya dipadu dengan sistem elektrik yang merupakan tercanggih dikelasnya.

Sistem elektrik yang secara keseluruhan mampu mengatasi kondisi apapun on dan off-road yakni Honda Selectable Torque Control (HSTC) system yang menawarkan 3 tahap kontrol, dan memungkinkan bagi pengendara untuk menonaktifkan sistem ABS roda belakang.

Keunikan fitur Dual Clutch Transmission (DCT) hadir sebagai pilihan yang disematkan di CRF1000L Africa Twin, dengan penggunaan crankcase yang umum dengan mempertahankan lebar yang sama dengan versi transmisi manual.

Fitur mode standar manual memudahkan pengendara untuk memilih menggunakan mode manual atau otomatik melalui tombol di sisi kiri setang kemudi. Mode D menawarkan keseimbangan terbaik antara konsumsi bahan bakar dan kenyamanan berkendara, sementara mode S memberikan tambahan performa sport dengan tiga pilihan dari S1, S2 dan S3.

Dalam kondisi tertentu seperti berkendara dengan manuver di kecepatan rendah, DCT secara perlahan melepaskan kopling untuk mengurangi efek dari pergerakan throttle secara cepat di sasis.

Tentu saja, DCT untuk model CRF1000L Africa Twin telah dilengkapi untuk dikendalikan di lingkungan adventure. Dengan G switch di tiap mode berkendara, throttle dan ban belakang menyesuaikan transfer tenaga secara langsung dari mesin disesuaikan dengan kondisi off road yang diinginkan.

Fungsi baru dari DCT sistem hadir dalam saat mendeteksi kondisi menanjak. Saat menanjak, fungsi upshift adalah menghambat untuk menahan rpm tinggi, Saat jalan menurun, downshifts terjadi lebih awal untuk memungkinkan pengereman mesin yang lebih baik.